El 16 de febrero de 1595 llegó a Valparaíso la congregación de los Agustinos y durante esa época estos arribos eran considerados muy importantes.
Se cuenta que durante el 31 de marzo de ese mismo año, los Agustinos fundaron su primer convento en Chile y la iglesia daba a la calle San Antonio a muy poca distancia del convento Iglesia San Francisco.
Ambas partes finalmente compartían un similar credo y nombraron como juez al jesuita Luis de Valdivia quien decretó que los Agustinos podían seguir en aquel lugar pese a la distancia con los Franciscanos.
La noche del 13 de diciembre de 1595 la Iglesia y el Convento Agustinos fueron incendiados por un grupo de gente enmascarada y todas las investigaciones dieron como responsables a la gente del convento Franciscano.
Cuando se quiso tomar declaraciones a los presuntos culpables el provincial de los Franciscanos, Antonio de Olivares, sostuvo que él nomás podía ser juez de los frailes de su orden.
El corregidor de Santiago, Capitán Nicolás de Quiroga y el provisor del Obispado, Melchor Calderón, parecían interesados en acallar aquel proceso que era un verdadero escandalo y fue tal lo que hicieron que se les creyó cómplices o encubridores del incendio pero no obstante todo fue inútil y los autores del siniestro quedaron impunes.
Poco después los Agustinos levantaron una información legal para dejar probado que en el incendio ocurrió un milagro ya que el fuego respetó el lugar donde se hallaban las esfinges de los santos.
La fama de este milagro realzó el crédito de los Agustinos y favoreció los legados y donaciones que los Chilenos le hicieron tiempo más tarde.